Urodził się 4 grudnia 1689 r. w Gdańsku w rodzinie zamożnego kupca. Do roku 1707 uczył się w szkole parafialnej działającej przy kościele Mariackim. W wieku 13 lat został wysłany przez rodziców do Gniewu, by poznać język polski. Edukację swą kontynuował w gdańskim Gimnazjum Akademickim, które ukończył w 1710 roku, a następnie wyjechał do Halle, gdzie na tamtejszym uniwersytecie studiował prawo, historię i krasomówstwo. Tam też w roku 1712 uzyskał tytuł licencjata, a rok później został doktorem prawa. Działał również na polu wydawniczym – współredagował bowiem naukowy periodyk Hallische Bibliothek. W 1713 roku, po krótkim pobycie na dworze króla Augusta II, powrócił do Gdańska.

W rodzinnym mieście utrzymywał się przez kilka lat z prywatnego nauczania, zajmując się jednocześnie studiami nad dziejami prawa Gdańska, Prus Królewskich i Królestwa Polskiego, by dowiedzieć się, czy my, Prusacy, jesteśmy Polaków równymi braćmi, czy też sługami. W latach 1718-1719 zaczął wydawać prekursorski dla Polski periodyk historyczny Polonische Bibliothec, zawierający teksty głównie jego autorstwa. W czasopiśmie można było przeczytać m.in. fragmenty dokumentów historycznych, życiorysy wybitnych Polaków i wyniki najnowszych badań. Na karcie tytułowej jako miejsce druku stoi: Tannenberg wo Vladislaus Jagyello die Creutz-Herren schlug (Tannenberg – Grunwald, gdzie Władysław Jagiełło pobił Krzyżaków). Wyobrażenie o zawartości tych druków dają słowa: Jest już najwyższy czas, gdy inne narody omawiają dzieje swych przodków z największą pilnością, aby i Polacy wzięli się do pióra i naśladowali tak chwalebne przykłady […]. Należy wreszcie zrozumieć, że uczeni obcy powinni mieć pewne wiadomości o naszych czynach, naszej formie rządów, gospodarstwie, kulturze […]. Często rozmyślałem, że należy dzieje mojej ojczyzny oczyścić z oczywistych kłamstw i przedstawić je we właściwym świetle . Niestety, pomimo niewątpliwych wartości naukowych, jakie niosło ze sobą pismo, spotkało się ono nie tylko z niewielkim zainteresowaniem, ale też i z pewną niechęcią, Lengnich bowiem w swoich artykułach zdecydowanie rozprawiał się z wyidealizowaną historią swojej ojczyzny. Zmuszony był więc zakończyć swą inicjatywę wydawniczą już na drugim tomie. Swoją porażkę skomentował w następujący sposób: Liczba troszczących się o wiedzę stale się, niestety, zmiejsza. Cały świat woła o skróty. Przeciętny obywatel jest zadowolony, jeżeli zdołał coś niecoś podłapać z ubiegłego stulecia i wyżej ceni te wiadomości niż orientację w odległym średniowieczu. Samo spojrzenie na dużą księgę już nas przeraża.

W 1720 roku spróbował wraz z innymi naukowcami przenieść na grunt Rzeczpospolitej inne naukowe przedsięwzięcie i założył pierwsze polskie towarzystwo Societas Litteraria cuius symbolum virtutis et scientiarum incrementa czyli Towarzystwo Literackie, którego symbolem jest rozwój wiedzy i moralności. Stowarzyszenie, które przetrwało 7 lat początkowo skupiało się na zagadnieniach humanistycznych, a posiedzenia dotyczyły głównie zasad moralności i etyki, w następnych latach zaś prym zaczęły wieść nauki przyrodnicze i medycyna. Spotkania odbywały się co poniedziałek, a członkowie spotykali się nie w ponurych aulach, a w swoich mieszkaniach, gdzie w kameralnej i miłej atmosferze dyskutowali o nauce przy kawie i ciasteczkach.
Rada Miejska w 1721 roku powierzyła Lengnichowi kontynuowanie dzieła Historia Rerum Prussicarum w zamian za stałą pensję. Rzetelne, posiadające ogromną wartość również dla dzisiejszych historyków opracowanie okresu 1526-1733 w 9 tomach pt. Geschichte der Preussischen Lande Königlich-Polnischen Antheils zajęło mu 33 lata. Opracował też Kroniki Galla Anonima i Wincentego Kadłubka, a także napisał rozprawę De Polonorum maioribus (O przodkach Polaków).
Pomimo nawału pracy Lengnich nie zaniedbał życia osobistego. W roku 1730 ożenił się z córką pastora, Eufrozyną Florentyną Fischer, z którą miał dwie córki. Eufrozyna doskonale rozumiała fascynacje męża i to ona całkowicie zajęła się prowadzeniem domu i wychowaniem córek. Jak zwykle za wybitnym mężczyzną musiała więc stanąć oddana kobieta .